Från vingarna och bakåt är det i stort sett samma flygplan som 39A. Hållfasthetsmässigt har vissa ändringar gjorts med förstärkningar på skrovet. Flygplanskroppen framför vingarna består till mer än hälften av helt nya delar. För att få plats med ytterligare en pilot har flygplanet förlängts med 65 centimeter, apparater har flyttats om och automatkanonen har plockats bort. Den största systemändringen har gjorts i luftsystemet då mer luft och bättre klimatkontroll krävs för att försörja två personer. Luftsystemet har flyttats från ovansidan bakom förarkabinen till att ligga i botten på luftkanaldelen och tillhörande luftintag har flyttats från sidorna till undersidan av flygplanen.

I baksits är JAS 39B Gripen utrustad med en "krockkudde" liknande den som finns i bilar. Kudden sitter framför piloten och skyddar mot splitter när huven sprängs vid en utskjutning.

Till skillnad från de tvåsitsiga varianterna av Viggen och Draken är JAS 39B ett fullt operativt stridsflygplan. Den kommer främst att användas för att träna taktiska uppdrag under svåra förhållanden. Draken- och Viggenpiloter omskolas idag till Gripen med hjälp av simulator.

JAS 39B har samma elektronik och styrsystem och kan utföra samma uppdrag som 39A. Denna version av Gripen kan flygas även från baksits. Piloten i baksits har däremot ingen siktlinjesindikator. Den bild som går att få på denna kan istället läggas på en av indikatorerna, en möjlighet som båda piloterna har. Gripens digitala infrastruktur erbjuder en enorm utvecklingspotential. Ett tänkbart användningsområde kan vara taktisk ledning, där piloten i baksits fungerar som taktiker och motmedelsoperatör och leder flera flygplan.

Flygvapnet har beställt 28 stycken JAS 39B. Det första flygplanet levererades i december 1996.

JAS 39B är det första flygplan som helt igenom konstruerats med CAD-teknik. Den snabba utvecklingen inom datateknologin har skapat den möjligheten. Typarbetet inleddes 1992 och för första gången har arbetet genomgående bedrivits i team. Ett Design Build Team bestående av 150-250 personer från både konstruktion och produktion arbetade helt integrerat från början till typavslut under våren 1998.